Asiakasyrityksen kohdalle osuva verotarkastus on erityistilanne kirjanpitäjälle. Verottajan suurennuslasin alle päätymisen taustalla ei yleensä ole mitään erityistä impulssia, vaan verotarkastus voi osua kohdalle mihin yritykseen tahansa, eikä verotarkastus läheskään aina johda jälkiverotustoimenpiteisiin. Seuraamuksiin voivat kuitenkin johtaa mitä moninaisimmat seikat tarkastettavassa aineistossa. Pohjimmiltaan verotarkastuksessa on kyse näytön arvioinnista: vastaako kirjanpito todellista liiketoimintaa? Seuraavat seikat on erityisesti hyvä muistaa verotarkastuksen tullessa vastaan.
Jälkiverotustoimenpiteistä päättäessään verottaja käyttää varsin laajaa harkintavaltaa. Se arkielämän fakta onkin hyvä pitää mielessä, että mitä laajempi tarkastettava aineisto on kyseessä, sitä herkemmin siitä löytyy tulkinnanvaraisia seikkoja. Epätäsmällisyydet voivat johtaa pahimmassa tapauksessa ei-toivottuihin veroseuraamuksiin jopa tunnollisesti toimineella yrityksellä.
Sähköisen taloushallinnon myötä verotarkastuksessa tavanomaiseksi menettelytavaksi on muodostunut se, että tarkastajat pyytävät lähes kaiken mahdollisen aineiston nähtävilleen. Luonnollisesti verotarkastajien tulee kuitenkin yksilöidä se informaatio sekä se ajanjakso, jonka he kohdeyrityksestä haluavat. Siten erityisesti kirjanpitäjän on syytä seurata, mitä kirjanpitoaineistoa verottajille luovutetaan. Hyvä sääntö on ottaa yrityksen nimenkirjoittajan ilmoitus toimintaohjeeksi. Yleensä ei ole perusteltua antaa verottajalle rajoittamatonta pääsyä kirjanpidon tileihin, vaan mikäli verottaja pyytää kirjanpitoaineistoa esimerkiksi kahdelta viimeiseltä tilikaudelta, tällöin on syytä toimittaa vain näiden vuosien aineisto.
Joskus hyvinkin laajalle ulottuvassa, useita tilikausia, verolajeja ja työnantajasuorituksia käsittävässä tarkastuksessa riittävän kokonaiskuvan muodostaminen on ensiarvoisen tärkeää. Huolellisesti hoidettu kirjanpito edesauttaa kokonaiskuvan hahmottamista, mutta se ei ole vielä takuu siitä, että verotarkastajien kanssa oltaisiin täysin samaa mieltä asioista. Valmistautuminen verotarkastukseen onkin syytä aloittaa jo ennen tarkastuksen toteuttamista. Näin voidaan jo ennakolta kartoittaa mahdollisia kipupisteitä ja selvittää, kenellä on paras ammattitaito tiettyyn kysymykseen vastaamisessa. Huolellinen valmistautuminen antaa viitteitä myös siitä, onko tarkastukseen syytä pyytää asiantuntija-apua.